ERESIE

Dalla metà del 1500, la Chiesa cattolica fu scossa dallo scisma protestante. Il 12 maggio 1564, a Milano, Carlo Borromeo venne nominato Arcivescovo (dove già svolgeva la funzione di amministratore apostolico per conto dello zio, Gian Angelo Medici di Marignano). 

Cominciarono le sue "visitazioni", durante le quali impose rigide norme di sopravvivenza per tutte le comunità religiose più a contatto con i viaggiatori, per impedire il dilagare delle "idee eretiche". 

Anche la comunità di San Francesco subì la sua legge, nonostante i frati francescani continuassero a vivere di predicazione ed elemosina, presumibilmente in numero limitato. All'epoca di Carlo Borromeo, essi avevano già abbandonato il monastero che ricadeva sotto la tutela della parrocchia di Velate e che si trovava con l'altare privo di croce e candelieri, il pavimento dissestato, i muri scrostati; mancavano il soffitto, il campanile, l'acquasantiera e nessuno era a custodia dell'ingresso. 

Nella sua visita pastorale del 27 ottobre 1574, ordinò una serie di urgenti riparazioni e, in attesa di una sistemazione, la sospensione delle celebrazioni liturgiche. I lavori di riordino non vennero mai eseguiti, a causa delle difficoltà di reperire i fondi e il poco interessamento al luogo. "Sia profanato!", ordinò l'Arcivescovo, dopo averne riscontrato il completo abbandono. La chiesetta venne sconsacrata, i muri crollati vennero ulteriormente demoliti e la pietre furono utilizzate come materiale da costruzione. 

Alla fine del 1500, la storia del Monte San Francesco fu cancellata tra oscuri episodi di frati assassinati e requisizioni di beni. Il luogo, avvolto dalla vegetazione, è come un gigante silenzioso che custodisce il suo mistero sospeso nel tempo. .